В 1748 году симбирскими купцами было начато строительство Преображенского медеплавильного завода на реке Урман — Зилаир. Позже в село при заводе стали переселяться русские крестьяне из Поволжья. В ноябре 1922 года село Преображенское стало центром Зилаирского кантона.
19 января 1925 года на 3-м съезде Зилаирского кантонного Совета было принято постановление о переименовании села Преображенский Завод в город Зилаир. Позже в сентябре 1925 года административная комиссия БашЦИК по районированию БАССР обращается во ВЦИК с просьбой утвердить данное постановление, однако 8 октября 1925 года получает отказ в предоставлении статуса города.
С 1965 года село Зилаир — административный центр Зилаирского района.