Монастырь создан трудами и заботами Преосвященнейшего епископа Тихона.

Епископ Тихон, прибыв на Новосибирскую кафедру в 1990 году, проявил заботу об устройстве монастыря для монашествующих при Вознесенском кафедральном соборе. После долгих поисков выбор пал на Колывань, бывший купеческий город, отпраздновавший своё 200-летие в 1997 году и игравший в прошлом веке значительную роль в Сибирском крае.

В 60-е годы приход в Колывани, находящийся в небольшом полуподвальном помещении был спасён от попыток закрытия благодаря ходатайству Святейшего Патриарха Алексия II, в то время управляющий делами Московского Патриархата.

В 1991 году Новосибирскую Епархию посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Во время своего пребывания в Сибири Святейший Патриарх 16 мая 1991 года освятил закладной камень в фундамент Покровского Александро-Невского монастыря.

В 1992 году была завершена реставрация полуразрушенного многострадального Колыванского храма во имя святого благоверного князя Александра Невского.

19 июля 1992 года Преосвященнейший Тихон, епископ Новосибирский и Барнаульский, совершил торжественное освящение храма, и при нём был открыт женский монастырь.
1 августа того же года определением Священного Синода настоятельницей обители утверждена игуменья Надежда (Еремина).

Монашество при Новосибирском Вознесенском кафедральном соборе возродилось при митрополите Варфоломее, когда в период гонений на Церковь, монахини старались нести послушание в храме: на клиросе, в просфорне, в ризнице. Были и подвижницы, отсидевшие за веру в лагерях. Монашество поддерживали и последующие архиереи.

Сейчас в Покровском Александро-Невском монастыре 25 сестёр вместе с послушницами. Сёстры несут послушание в храме, на клиросе, в просфорне, в ризнице, в трапезной, в котельной и подсобном хозяйстве. Заботятся о престарелых и больных прихожанах храма, посещают их на дому.

За 10 лет основания монастыря были построены трапезная, швейная мастерская, скотный двор, гараж для автомобилей и сельскохозяйственной техники, другие хозяйственные постройки, возведена монастырская ограда. При поддержке Высокопреосвященнейшего Тихона, архиепископа Новосибирского и Бердского, строится сестринский корпус, восстанавливается разрушенная ограда вокруг храма, благоустраивается и озеленяется территория монастыря. Бывшая церковно-приходская школа была переделана под келии сестёр.

Монастырь имеет свои пахотные земли, животноводческое хозяйство.

На территории монастыря находится церковь во имя великого князя Александра Невского.