Уплисцихе долгое время был оплотом приверженцев старой веры – язычников, и между Уплисцихе и христианской Мцхетой шла война, закончившаяся победой Мцхеты. Со сменой власти и религии многое изменилось и в городе: храм Солнца, еще со времен древнего Иберийского царства возвышавшийся на вершине горы, был разрушен и на его месте победители возвели христианскую церковь.