В ходе Северной войны русское войско под командованием Бориса Шереметева 27 сентября (8 октября) 1702 года осадило крепость. 11 (22) октября 1702 года, после продолжительной бомбардировки, русские войска пошли на штурм, продлившийся 13 часов, и одержали победу. В осаде лично участвовал Пётр I в должности бомбардир-капитана. «Правда, что зело жесток сей орех был, однако же, слава Богу, счастливо разгрызен… Артиллерия наша зело чудесно дело своё исправила», — писал тогда Пётр I думному дьяку Андрею Виниусу. В честь этого события отлили медаль с надписью: «Был у неприятеля 90 лет». Тогда же крепость переименована в Шлиссельбург — «ключ-город».
С постройкой в 1723 году Кронштадта крепость потеряла своё военное значение и была преобразована в политическую тюрьму