Согласно летописи, первое упоминание об храме датируется 1476 годом. В 1653 по приказу царя Алексея Михайловича на месте старого храма во имя Илии на Воронцовом поле был обустроен новый. Пристроен Ильинский предел. В XIX веке церковь дважды подвергалась перестройке: в 1840 году, по проекту архитектора Козловского и деньгами купцов братьев Усачёвых и в 1870 году, на деньги купца Г. И. Хлудова. В 1876—1878 гг. архитектор П. П. Зыков пристроил к церкви трапезную и колокольню (которая ныне утрачена).
В 1929 году храм закрыли, в нём располагался Музей искусства народов Востока. В XXI веке в церкви находится фондохранилище.