Храм имеет свою историю, которую хранят архивы города Томска.

В 1878 году на общественном сходе мещанское общество заштатного города Колывани имело рассуждение о том, что население города год от года увеличивается, а церковь одна, и есть надобность построить другую на собственные средства раскладом и частные пожертвования. Храм однопрестольный, тёплый, каменный, примерно на 700 человек, предполагается назвать во имя Покрова Пресвятой Богородицы.

Но 1 марта 1881 года в Петербурге было совершено убийство Российского императора Александра II, и колыванский купец второй гильдии Кирилл Кривцов пожелал на свои средства построить в память об убиенном государе церковь имени Александра Невского по плану, утверждённому для церкви Покрова Пресвятой Богородицы. Кирилл Кривцов подал прошение на высочайшее имя о строительстве храма. Прошение было утверждено царём Александром III.

Грамота от Томской духовной консистории с благословением на заложение церкви Александра Невского была подписана “в лето от Рождества Христова тысяча восемьсот восемьдесят первое, Октября в седьмой день”.

2 мая 1882 года, согласно рапорту священника Ставрова, церковь была заложена и 4 декабря 1887 года освящена Преосвященнийшим епископом Томским Исаакием.

Церковь стала вторым храмом в городе Колывани. Она отапливалась пятью голландскими печами, имела иконостас “длиною 10,5 аршин и высотой 13 аршин”, оценённый в 3000 рублей, была обнесена кованной металлической оградой. При церкви в 1890 году колыванским купцом 2-й гильдии Евграфом Александровичем Жернаковым была построена церковно-приходская школа.

Композиция церкви симметричная в форме восьмигранного креста и восходит к типу “трапезных” (или “кораблём”). Основной объём церкви и колокольня высотой 27 м связаны в одно здание трапезной по линии восток - запад.

Храм восьмигранный в плане перекрыт сомкнутым сводом со световым восьмериком- барабаном, прорезанным четырьмя оконными прёмами. Барабан перекрыт куполом луковичной формы. С востока к храму примыкает апсида, увенчанная малой луковичной главкой на конхе. Колокольня церкви трёхъярусная, увенчанная ребристым, слегка приплюснутым куполом луковичной формы. К притвору-колокольне с западного фасада примыкает входной тамбур - паперть.

Церковное здание было сложено из красного кирпича на бутовом фундаменте с цоколем, облицованным квадратами известняка местного происхождения. Кладка стен на известковом растворе. Стены оштукатурены и покрашены. Кровля крыши и купола покрыты листовым железом. Ступени крыльца выложены из гранитных блоков.

В годы гонений на Церковь храм Александра Невского был закрыт в 1934 году (постановление Облисполкома №7378 от 3 февраля 1934 г.), вновь открыт по просьбе верующих в 1946 году. Окончательно закрыли церковь в 1962 году, разрушили в 1968 году, снесли купола и звонницу храма.

Позднее были утрачены дверные полотна, рамы оконных проёмов, пол, деревянные хоры, лестницы на хоры и колокольню, убранство интерьера и ограда церкви.

Более двадцати лет церковь находилась в запущении.

После празднования Тысячелетия Крещения Руси пришли новые времена и в Колывань: разрешили восстановить храм. Первым делом выносили мусор, очищали территорию. Местные жители вернули спрятанные в лихолетье иконы. Началось восстановление храма.

Восстановлением храма занимался протоиерей Николай Чугайнов. На отца Николая было возложено ответственное послушание. Именно его трудами был восстановлен храм во имя святого благоверного князя Александра Невского, возобновилось богослужение.

В 2002 году храм отметил своё 115-летие.

В храме служат два священника. В церкви есть особо чтимые иконы и святыни: икона благоверного князя Александра Невского в схиме с частицей святых его мощей, икона Матери Божией - Игумении святой горы Афонской, икона святителя Иннокентия Иркутского с частицей его мощей, икона Казанской Божией Матери и ковчежец с мощами многих святых.

Так как первоначально предназначалось назвать храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы, то по многочисленным просьбам верующих и монашествующих, по благословению Преосвященнийшего Тихона, архиепископа Новосибирского и Бердского, в храме был определён второй престол в честь Покрова Матери Божией. И монастырь получил название Покровский Александро-Невский. В связи с этим в монастыре два престольных праздника: первый - 1(14) октября - Покров Пресвятой Богородицы и второй - 23 ноября (6 декабря) - День памяти благоверного князя Александра Невского в схиме Алексия.

При храме действует воскресная школа, в которой обучаются дети прихожан и сироты из местной школы- интерната.
Использован материал Л. Матвеевой